查看文档，看起来您可以传递link\u color\u func关键字或color\u threshold关键字以获得不同的颜色。

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树状图着色方案的默认行为是，给定color_threshold=0.7*max（Z[：，2]），将集群节点k下面的所有子代链接着色为相同的颜色，如果k是第一个节点低于切割阈值；否则，连接距离大于或等于阈值的节点的所有链接都被染成蓝色[来自文档]。

这到底是什么意思？如果你看树状图，不同的星系团连接在一起。两个集群之间的“距离”是它们之间链接的高度。color_threshold是新集群的高度，低于该高度将是不同的颜色。如果你所有的集群都是蓝色的，那么你需要提高你的color_threshold。例如，

In [48]: mat = np.random.rand(10, 10)
In [49]: z = linkage(mat, method="weighted")
In [52]: d = dendrogram(z)
In [53]: d['color_list']
Out[53]: ['g', 'g', 'b', 'r', 'c', 'c', 'c', 'b', 'b']
In [54]: plt.show()

我可以通过以下方式检查默认的颜色\u阈值

In [56]: 0.7*np.max(z[:,2])
Out[56]: 1.0278719020096947

如果我降低color_threshold，我会得到更多的蓝色，因为更多的链接的距离大于新的color_threshold。你可以直观地看到这一点，因为0.9以上的所有链接现在都是蓝色的：

In [64]: d = dendrogram(z, color_threshold=.9)
In [65]: d['color_list']
Out[65]: ['g', 'b', 'b', 'r', 'b', 'b', 'b', 'b', 'b']
In [66]: plt.show()

如果我将color\u阈值增加到1.2，则1.2下面的链接将不再为蓝色。此外，青色和红色链接将合并为一种颜色，因为它们的父链接位于1.2下面：